Postęp w hodowli odpornościowej sprawił, że wiele groźnych chorób infekcyjnych pomidora szklarniowego przestało stanowić problem fitosanitarny. Obecnie odporność na wirusa mozaiki tytoniu jest praktycznie standardem, na werticiliozę, fuzaryjne więdnięcie (dwie rasy) i brunatną plamistość liści jest bardzo powszechna, a dość częsta na szarą plamistość liści (Stemphylium sp.) i nicienie. Znacznie rzadsza jest odporność na fuzariozę zgorzelową pomidora. Najrzadziej spotyka się odmiany pomidora odporne na korkowatość korzeni, przy czym odporność bądź tolerancja wobec tej choroby nie zawsze idzie w parze z dużą wartością gospodarczą odmiany. Dostępne są także odmiany odporne na wirusy brązowej plamistości liści pomidora (TSWV) i żółtej kędzierzawości liści pomidora (TYLCV). Wybierając odmianę do uprawy pod osłonami należy się kierować nie tylko jej wczesnością, wysokim potencjałem plonotwórczym czy wielkością i jakością owoców, ale również odpornością na agrofagi, które w poprzednich latach stwarzały problemy w naszych obiektach.

Bardzo ważnym, jeśli nie najważniejszym, ogniwem integrowanej walki z chorobami w tradycyjnej uprawie pomidorów w szklarniach i tunelach foliowych — w glebie lub w substratach organicznych mających bezpośredni kontakt z macierzystym gruntem w obiekcie — jest systematyczne odkażanie podłoża. Wynika to nie tylko z sukcesywnego nagromadzania się w glebie materiału infekcyjnego — zwłaszcza przy monokulturze, ale również z biologii fitopatogenicznych grzybów. Cykl rozwojowy prawie 80% gatunków porażających pomidory szklarniowe całkowicie lub częściowo przebiega w podłożu. Wyniki doświadczeń jednoznacznie wskazują na celowość uprawy w odkażonym podłożu odmian odpornych na patogeny glebowe. Gdy porównano uprawę odmian pomidorów odpornych na korkowatość korzeni w odkażonej i niedkażonej glebie silnie zainfekowanej grzybem Pyrenochaeta lycopersici, okazało się, że odkażanie gleby nie zwiększało istotnie plonu ogólnego tych odmian. Wyraźnie natomiast zwiększał się plon handlowy, zwłaszcza owoców dużych. Również nasilenie objawów korkowatości na korzeniach odmian odpornych było mniejsze w glebie odkażonej, niż w nie odkażonej. Odmiany pomidorów odporne na Verticillium sp. także w przypadku obecności tego patogenu w podłożu korzystnie reagują na jego dezynfekcję.

W naszych warunkach korkowatość korzeni jest główną chorobą odpowiedzialną za stopniowe obniżanie się plonów pomidorów szklarniowych w kolejnych latach uprawy. Bardzo skuteczną metodą walki z tą chorobą jest szczepienie pomidorów na podkładkach odpornych. Zabieg ten bardzo często traktowany jest jako równorzędny z dezynfekcją gleby, lub nawet jako mogący ją zastąpić. Niewątpliwie jest to słuszny pogląd. Niemniej jednak wyniki doświadczeń wskazują na celowość łączenia przedwegetacyjnego odkażania podłoża ze szczepieniem na podkładkach uodporniających. Plony uzyskiwane w kombinacjach obejmujących wykonywanie obu zabiegów były istotnie wyższe (12–16%) niż w wariantach z samym szczepieniem lub tylko odkażanych. Szczepienie chroni ponadto przed zgorzelą podstawy łodyg, powodowaną przez Didymella lycopersici.

Termiczna lub chemiczna dezynfekcja gleby najczęściej skutecznie niszczy chorobotwórcze mikroorganizmy, ale jednocześnie odkażone podłoże jest bardziej podatne na wtórną infekcję niż to nieodkażone. Z tego względu od dawna zalecane jest używanie po odkażeniu podłoża różnych biopreparatów, zawierających mikroorganizmy saprofityczne lub antagonistyczne w stosunku do określonych patogenów, w celu zwiększenia i przedłużenia ochronnego działania dezynfekcji. Z praktyki wiadomo, że próby biologicznego zwalczania patogenów glebowych poprzez wprowadzanie biopreparatów do podłoża uprzednio nieodkażonego, a więc zasiedlonego przez liczne zespoły mikroorganizmów, najczęściej kończą się niepowodzeniem. W integrowanej chemiczno-biologicznej ochronie pomidorów przed chorobami odglebowymi, mogą być uwzględniane biopreparaty zawierające, na przykład, Trichoderma spp., Pythium oligandrum, Streptomyces griseoviridis czy antagonistycznych szczepów grzyba Fusarium oxysporum. Niestety, w praktyce możliwości stosowania biopreparatów są ograniczone, gdyż obecnie w Polsce zarejestrowany jest tylko jeden z grupy tych środków. Z dotychczasowych doświadczeń Instytutu Warzywnictwa wynika, że biopreparaty zawierające antagonistyczne grzyby z rodzaju Trichoderma są mało specyficzne, co oznacza, że działają na wiele gatunków pasożytniczych grzybów.

Istotną poprawę biologicznej skuteczności dezynfekcji gleby można również osiągnąć łącząc te zabiegi z różnymi działaniami agrotechnicznymi. Nawożenie może mieć wpływ na skuteczność dezynfekcji gleby w zwalczaniu niektórych patogenów. W przypadku fuzariozy zgorzelowej pomidora, wysoki poziom nawożenia NPK, zarówno przedwegetacyjnego, jak i pogłównego w porównaniu z niskim poziomem nawożenia przedwegetacyjnego i wysokim pogłównego (bądź odwrotnie) wyraźnie zwiększał nasilenie objawów choroby. Wysokie dawki wapnia w połączeniu z odkażaniem gleby poprawiają skuteczność zwalczania fuzaryjnego więdnięcia pomidora. Ściółkowanie słomą odkażonej gleby korzystnie wpływa na plon owoców i zdrowotność systemu korzeniowego. Łączenie chemicznego odkażania gleby z uprawą pierścieniową (w cylindrach z winiduru lub PCV) powodowało istotne ograniczenie porażenia korzeni przez korkowatość i nicienie — guzaki. Podgrzewanie podłoża ogranicza rozwój chorób, które stwarzają największe zagrożenie dla roślin w niższych temperaturach (korkowatość korzeni, zgorzel podstawy łodyg, werticilioza).

Lokalizacja plantacji, prawidłowa agrotechnika, właściwe zmianowanie oraz zdrowotność rozsady są podstawowymi elementami integrowanej ochrony tego gatunku uprawianego w polu. Plantacji pomidorów nie należy lokalizować na stanowiskach stale zacienionych, podmokłych, w zagłębieniach terenowych — a więc wszędzie tam, gdzie istnieje prawdopodobieństwo utrzymywania się wysokiej wilgotności powietrza i długotrwałego zwilżenia liści. Przebieg wielu chorób, a zwłaszcza zarazy ziemniaka i bakteryjnej cętkowatości pomidora bywa na tych miejscach tak gwałtowny, że nawet przy bardzo intensywnej ochronie chemicznej uprawy może dojść do całkowitego zniszczenia roślin. W kompleksowej ochronie pomidora przed zarazą ziemniaka istotne znaczenie ma unikanie bliskiego sąsiedztwa z uprawami ziemniaków wczesnych. Izolacja przestrzenna od ich plantacji jest również ważnym elementem profilaktyki w ochronie pomidorów przed alternariozą, wirusem Y i wirusem X ziemniaka.

Najważniejszym elementem integrowanej ochrony pomidora polowego przed chorobami jest zmianowanie. Niestety, w wielu gospodarstwach — zwłaszcza małych i średnich — specjalizujących się w produkcji tego gatunku, zasady prawidłowego zmianowania nie zawsze są przestrzegane. Zachowanie 3-, 4-letniej przerwy w uprawie pomidorów i innych roślin psiankowatch istotnie ogranicza lub nawet eliminuje występowanie wielu groźnych chorób infekcyjnych, — raka bakteryjnego, bakteryjnej cętkowatości, alternariozy, antraknozy, fuzaryjnego więdnięcia, korkowatości korzeni, septoriozy, zgorzeli podstawy łodyg i brunatnej zgnilizny owoców. Trzeba ponadto pamiętać, że wśród odmian pomidorów polowych odporność na dwie bardzo groźne choroby odglebowe, mianowicie fuzaryjne więdnięcie i werticiliozę, występuje znacznie rzadziej niż u odmian szklarniowych.

Głęboka orka jest nieodzownym zabiegiem agrotechnicznym w zwalczaniu zgnilizny twardzikowej. Zabieg ten wprowadza do głębszych warstw gleby przetrwalniki grzyba Sclerotinia sclerotiorum, a tylko apotecja wyrastające z przetrwalników znajdujących się w wierzchniej warstwie mogą uwalniać zarodniki. Dokładne usuwanie z pola resztek roślinnych spełnia istotną rolę w zwalczaniu antraknozy i septoriozy pomidora.

Rozsada pomidorów polowych powinna być z zasady przygotowywana w podłożu odkażonym termicznie lub jednym z fumigantów o szerokim zakresie działania (bromek metylu, Basamid 97 GR, Nemazin 97 XX, Nemasol 510 SC). Produkcja rozsady w odkażonym podłożu chroni rośliny nie tylko przed typowymi patogenami glebowymi, ale stanowi również istotne ogniwo integrowanego zwalczania bakteryjnej cętkowatości pomidora. W zapobieganiu tej chorobie, niezależnie od odkażania ziemi, w okresie produkcji rozsady wskazane jest wykonanie 1, 2 profilaktycznych opryskiwań fungicydami miedziowymi. Dla podkreślenia fitosanitarnego znaczenia dezynfekcji warto zaznaczyć, że rozsada pomidorów wyprodukowana w nieodkażonej ziemi, już w momencie sadzenia w pole może mieć system korzeniowy nawet w 50% zniszczony przez chorobotwórcze grzyby glebowe. Nie mniej ważnym zabiegiem jest zaprawianie nasion, a w przypadku chorobotwórczych grzybów przenoszonych z nasionami (np. Didymella lycopersici, Fusarium spp., Alternaria spp., Colletotrichum spp.) jest najpewniejszym sposobem skutecznego ograniczenia źródła pierwotnej infekcji.

Uwzględnienie powyższych działań w strategii zwalczania chorób pomidorów polowych nie gwarantuje wprawdzie możliwości uwolnienia się od stosowania środków chemicznych, ale na pewno przyczyni się do zwiększenia efektywności zabiegów chemicznych, wykonywanych na podstawie "Programu ochrony warzyw" ("Hasło Ogrodnicze" 1/2002).