Podstawowym problemem, który producentom rzodkiewki najczęściej dotychczas spędzał sen z powiek, były tak zwane mysie ogonki, czyli stożkowe przejście zgrubienia w korzeń palowy (fot. 1). Główną przyczyną tego zaburzenia jest niska wilgotność powierzchniowej (około 5 cm) warstwy podłoża w okresie powschodowym. Zgrubienie rzodkiewki tworzy się z hypokotylu (część między korzeniem a liścieniami) i górnego fragmentu korzenia palowego. Inicjacja zgrubienia rozpoczyna się około 3–7 dni po wschodach (wyrastanie pierwszych liś­ci właściwych), a formowanie następuje poprzez rozrastanie się komórek utworzonych na obwodzie walca osiowego — "kręgosłupa" korzenia. Jeżeli w tym czasie wilgotność w głębszej warstwie gleby jest duża, a w powierzchniowej mała, korzeń dąży w głąb — w kierunku optymalnej wilgotności, wydłuża się i grubieje także jego część przynależna do zgrubienia. Po dotarciu korzenia do wody zaczyna się rozwijać górna część zgrubienia, gdzie tkanka spichrzowa przyrasta najintensywniej. Część korzeniowa jednak również już się rozrosła i jej przejście w część pochodzenia pędowego jest łagodne, dlatego zgrubienia są stożkowo zakończone. Gdyby w okresie powschodowym panowała duża wilgotność w górnej warstwie gleby, w której rozrasta się zgrubienie, korzeń nie rósłby w kierunku wody znajdującej się w głębszych warstwach i przyrosty tkanki spichrzowej w hypokotylu zdominowałyby rozrastanie się korzenia. W efekcie rzodkiewki miałyby wyraźne przejście zgrubienia w korzeń palowy i kształt typowy dla danej odmiany. Aby uniknąć niepożądanego zjawiska tworzenia się "mysich ogonków", trzeba glebę nawodnić obficie przed siewem (do 75–80% polowej pojemności wodnej), a następnie po ukazaniu się liścieni uzupełnić zapas wody (około 7–10 mm opadu). Nawadnianie takie trzeba prowadzić w miarę potrzeby, aż do uzyskania wyraźnych zgrubień. W czasie ich dorastania nawilżanie powierzchniowej warstwy poprawi jakość skórki, ale istotniejsze jest utrzymywanie optymalnej wilgotnoś­ci w warstwie 10 cm, co może wiązać się z koniecznoś­cią podawania jednorazowo nawet do 15–20 mm opadu — zależnie od warunków glebowych i klimatycznych. Dzięki temu rzodkiewka zachowa jędrność i łagodny smak. Nadmiar wody w glebie w okresie przed zbiorami (zwłaszcza przy niskiej temperaturze) może spowodować jednak, że miąższ będzie wodnisty. Wahania wilgotności w tym czasie powodują pękanie zgrubień.

Fot. 1. Zgrubienia stożkowato wydłużone ("mysie ogonki")
są najczęstszym problemem uprawowym

Wydłużaniu dolnej części zgrubień sprzyja też wysoka temperatura podłoża, a niska powietrza.

Kolejnym problemem, na który zwróciło uwagę na razie tylko niewielu ogrodników, jest "spływanie koloru" w trakcie mycia. Producenci zaobserwowali, że niektóre odmiany brudzą ręce lub woda po ich myciu zabarwia się na czerwono, choć samo zgrubienie koloru nie traci.

Nie wszystkie przyczyny są znane, ale wiadomo, że wpływ na to ma budowa anatomiczna zgrubienia (między innymi grubość skórki, wielkość wakuoli), umiejscowienie barwników i warunki glebowe (pH, zasolenie, wilgotność i temperatura). Jeżeli barwniki antocyjanowe występują tylko w komórkach miękiszowych podskórnych, wakuole są duże, a skórka cienka, to efekt spływania koloru może być intensywny. U odmian, w których barwnik znajduje się także w wiązkach przewodzących (różowe żyłki pod skórką — fot. 2), jego utrzymywanie się jest silniejsze. Aby jednak wystąpiła utrata chociaż części barwnika, muszą zaistnieć warunki sprzyjające utracie soku komórkowego. Jeżeli w trakcie uprawy nastąpiło jego zagęszczenie w zgrubieniach — na przykład na skutek utraty wody przy krańcowych wartościach pH, dużym zasoleniu, suszy (przy niedoborze wilgotności lub silnym parowaniu z gleby w wysokiej temperaturze), to w chwili, gdy rzodkiewka znajdzie się w środowisku bardziej rozcieńczonym (woda), następuje wyrównywanie stężenia po dwóch stronach półprzepuszczalnej przegrody, jaką w tym przypadku stanowi skórka zgrubienia. Woda wchodzi do komórek zgrubienia, a z nich wypływa część soku komórkowego (wraz z barwnikiem) do otaczającej zgrubienie wody (także na wilgotne ręce). Jak duży może być wypływ soku komórkowego, można zaobserwować wykonując proste doświadczenie. Zgrubienia wkładamy do zamrażalnika na około 0,5 godz. W tym czasie sok komórkowy zamarznie, a więc się zagęści. Rozmrożone rzodkiewki szybko tracą prawie cały kolor, a wokół nich robi się kałuża ciemnoróżowej wody (fot. 3). Oczywiście w trakcie uprawy nie panują tak drastyczne warunki, ale zdarza się, że przechłodzone w trakcie przechowywania (poniżej 2°C, niezależnie od odmiany) lub przed zbiorem rzodkiewki mają właśnie taki, nieciekawy, sinawy kolor.

Fot. 2. Barwnik może występować tylko w komórkach podskórnych (zgrubienia zewnętrzne) lub również w wiązkach przewodzących (zgrubienia środkowe)

Fot. 3. Spływanie barwnika wraz z wodą nie oznacza utraty koloru,
o ile rzodkiewka nie jest przemrożona; rzodkiewka przechłodzona
(z lewej), zgrubienia przemrożone (z prawej)

Podatność odmian na "spływanie koloru" nie jest w żadnym przypadku cechą ograniczającą ich przydatność uprawową czy handlową. Wiele z nich może zareagować identycznie, jeśli będą sprzyjające ku temu warunki. W razie stwierdzonej wrażliwości odmiany na omówione wyżej czynniki należy starać się zlikwidować lub przynajmniej ograniczyć ich wpływ. Poszukiwanie odmiany bardziej "trzymającej" barwnik może być zawodne.